ストーリーモード： 第１話/第2話/第3話/第4話/第5話/第6話/第7話/第8話/第9話/第10話/・・・/最終話

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第1話
TITLE： ウルトラ作戦第一号
登場怪獣： 宇宙怪獣ベムラー

１．青い発光体に変身、飛行してくる
２．口から青い熱線を吐く

第2話
TITLE：侵略者を撃て
登場怪獣： 宇宙忍者バルタン星人

１．ハサミから破壊光線を発射してくる
２．分身する

第3話
TITLE： 科特隊出撃せよ
登場怪獣： 透明怪獣ネロンガ

１．透明になって姿を隠す
２．触覚から電撃を放射する

第4話
TITLE： バラージの青い石
登場怪獣： 磁力怪獣アントラー

１．地中から攻撃してくる
２．磁力光線をしてくる
３．巨大なハサミでつかんでくる

第5話
TITLE： 怪獣無法地帯
登場怪獣： どくろ怪獣レッドキング

１．巨大な岩石を投げてくる

第6話
TITLE： 科特隊宇宙へ
登場怪獣： 宇宙忍者バルタン星人（二代目）

１．光波バリアーを打ち破れ
２．厄介なミニバルタン
３．スペシウム光線は跳ね返される

第7話
TITLE： 悪魔はふたたび
登場怪獣： 赤色火炎怪獣バニラ/青色発泡怪獣アボラス

１．バニラは強力な火炎を吐く
２．アボラスはなんでも溶かす泡を吐く

第8話
TITLE： 海底科学基地
登場怪獣： 深海怪獣グビラ

１．油断すると潮吹きをくらう
２．背中に乗った攻撃が有効

第9話
TITLE： 怪獣殿下
登場怪獣： 古代怪獣ゴモラ

１．強力なパワーにひるむな
２．その巨体を持ち上げろ

第10話
TITLE： 小さな英雄
登場怪獣： 友好珍獣ピグモン/怪獣酋長ジェロニモン

１．自動追尾する羽手裏剣を撃ってくる
２．無重力ガスを吐いてくる。跳ね返せ

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最終話
TITLE： さらばウルトラマン
登場怪獣： 宇宙恐竜ゼットン