アメリカ合衆国にある国際宇宙開発研究所秘密分所では、惑星開発用改造人間の改造手術が始まろうとしていた…

　アメリカ国務省の発表によると、２１世紀に地球の人口は１００億を突破、食糧難を始め様々な困難が人類の前に横たわっていることが明らかになった。そこで人類の未来を宇宙に求め、惑星Ｓ１に前進基地を作ることに決定した。しかし、惑星Ｓ１には人間の想像を超えた困難が待ち構えているかもしれない。そこで、どのような障害にも耐えられる超人間的な、改造人間の研究に着手したのである。

　惑星開発用改造人間第一号に志願したのは、研究員である沖一也であった。一也は科学者だった両親を亡くして、孤児として研究所で育った。そして人類の未来を宇宙に掛けていた父の意志を継ぐ為に、自ら改造人間になることを決意していた。

　所長のヘンリー博士が改造手術を行い、手術が完了しコンピューターを作動させると、一也の身体が光に包まれ仮面ライダースーパー１に変身したのです。これが改造人間第一号、コードネームスーパー１の誕生である。

　そしてスーパー１の体のチェックテストを行い、ヘンリー博士の説明に従って、最強の武器であるファイブハンドの威力を試していた。

　そこに突如として現れたのは、帝王テラーマクロを頂点とする闇の帝国ドグマであった。すでにドグマは猿渡剛介こと怪人ファイヤーコングを研究所に送り込んでいたのだった。

　猿渡剛介はファイヤーコングに変身し、帰宅途中のヘンリー博士を拉致して、ドグマのアジトへと連れて行く。待ち受けていたメガール将軍は、「６時間の猶予を与える、今夜１２時までにスーパー１をドグマに提供せよ！！」と脅かすのだが、ヘンリー博士は無論この命令を拒否したのだ。服従しないヘンリー博士のことを帝王テラーマクロは、我らに服従しないものは殺してしまえと命令を下すのだった。

　一也は自力では変身することが出来ず、変身の呼吸を身につけるために一人で特訓を行っていた。

　その時、研究員の坂田が猿渡に家族を殺すと脅かされて、スーパー１に変身するためのコンピューター装置をピストルで破壊していたのであった。これで一也はコンピューターの司令でスーパー１に変身することが不可能になってしまったのだ。

　１２時まであと５時間しかないと時間が迫る中、ヘンリー博士は日本に国際電話をかけて、谷源次郎に一也をしばらくの間かくまって欲しいと頼む。

　そして、何もしらずに特訓に励む一也に、ヘンリー博士はドグマがスーパー１の研究を狙ってここにやって来る、ここにアリゾナの荒野に抜けられる秘密の通路がある、このＶマシンで脱出し１日も早く変身の呼吸を身につけるんだ！と、一也を逃がそうとした時すでに遅し！ドグマの集団が研究所内に侵入し、大ピンチになってしまう。

　拳法猿渡拳を使い襲ってくる猿渡剛介の投げた槍を受けて、ヘンリー博士は倒れ「人類の未来の為に生きるんだ！行け！！」と一也に向かって叫び絶命してしまう。「変身だ、変身せよ沖一也」自分に言い聞かせ焦る一也だが、ファイヤーコングに対して手も足も出ない。

　その時ドグマの仕掛けた爆弾の爆破準備が完了し、爆音と共に研究所が大爆発し全滅してしまうのである。上空には流れ星がむなしく消えていった・・・

　沖一也もろとも全滅したと報告を受けたテラーマクロは「そうか、おしい男よのお〜、これも運命じゃ」と薄笑みを浮かべていた。

　しかし、流れ星と共にスーパー１は生きていたのであった。一也は絶体絶命の危機を乗り越えて、スーパー１に変身しアリゾナの荒野をＶマシンで疾走していた・・・

　そして悪の王国ドグマ打倒を胸に秘めてスーパーライダーは疾走を開始したのであった！