今回、影でアメリカ政府を支配しているレックス・ルーサーとコンピューター生命体ブライニアックは共にスーパーマンで人気(?)の悪役。
スーパーマンは(かつてブライニアックにより縮小された)生き残りのクリプトン人達が住むビン詰めの都市、カンドールを人質に取られ、ルーサーの言いなりにならざるをえないでいる。
しかし「ダークナイト・リターンズ」のラストで自らを死んだことにして地下に潜伏していたバットマンは、自ら組織し訓練した自警団"Man of the Bat"を率いて、監禁されていたフラッシュとアトムを解放しルーサーらが支配するアメリカ政府に戦いを挑む。
その一方で、ジョーカーの姿をした不死身の怪人が次々とかつてのヒーロー達を暗殺していく…といったストーリー。